佛顶宫位于南京市江宁区牛首山遗址公园。牛首山遗址公园项目规划设计范围东至宁丹路，西至大谷线，北到江宁行政边界，南到牛首祖堂景区分界线，总面积约10.8平方公里，其中核心区规划设计范围总面积约0.6平方公里。在规划上确定了“天阙藏地宫，双塔出五禅”、“一花五叶”的总体布局。
牛首山遗址公园从2012年开工建设，目前该工程已完成。